Для работы в браузере Yandex, его необходимо предварительно настроить.
Нажмите на значок меню в правом верхнем углу браузера и в отобразившемся меню выберите пункт «Настройки».
Далее откройте вкладку слева - «Сайты», затем «Расширенные настройки сайтов». Установите переключатель «Всплывающие окна» в позицию «Разрешены» (Рис. Включение разрешения «Всплывающие окна»).

Рис. Включение разрешения «Всплывающие окна»
Далее откройте вкладку слева - «Сайты», затем «Расширенные настройки сайтов» (Рис. Настройки).

Рис. Настройки

Рис. Включение «JavaScript»
Установите кружок «JavaScript» в позицию «Разрешен (Рекомендуется)» (Рис. Включение «JavaScript»).
далее:
Настройка Atom браузера
Настройка КриптоПро ЭЦП browser plug-in
Дополнительные работы по настройке
Проверка корректности настройки рабочего места
назад:
Установка плагина «КриптоПро ЭЦП browser plug-in»
Проверка сертификатов ЭП
Проверка версии КриптоПро CSP