Проверьте правильность установки сертификатов ЭП.
Чтобы проверить необходимый сертификат, запустите консоль управления сертификатами. Используя стандартный поиск Windows, найдите консоль «Сертификаты». (на примере Windows 10) (Рис. Консоль «Сертификаты» ).

Рис. Консоль «Сертификаты»
Перейдите в раздел сертификаты (текущий пользователь) -> «Личное – реестр - сертификаты», откройте необходимый сертификат.
Если вы не найдете необходимого сертификата проверьте его в разделе сертификаты (локальный компьютер) -> «Личное – реестр - сертификаты», откройте необходимый сертификат.
Кликните дважды по вашему необходимому сертификату (Рис. Окно сертификата).
Проверьте дату действия сертификата. Убедитесь, что он не является устаревшим.

Рис. Окно сертификата
Перейдите во вкладку «Путь сертификации» и убедитесь, что вся цепочка сертификатов установлена корректно (Рис. Вкладка «Путь сертификации»). Если в разделе «Состояние сертификата» вы видите надпись: «Этот сертификат недействителен», переустановите сертификаты в цепочке, которые установлены некорректно.

Рис. Вкладка «Путь сертификации»
далее:
Установка плагина «КриптоПро ЭЦП browser plug-in»
Настройка Yandex браузера
Настройка Atom браузера
Настройка КриптоПро ЭЦП browser plug-in
Дополнительные работы по настройке
Проверка корректности настройки рабочего места